Sin embargo, durante este siglo asistimos a la decadencia de Siete Aguas. Con la Guerra de Independencia (1808-1813) y las guerras carlistas, que dejaron arruinada económicamente a la villa. Aquí se dio la batalla de las cabrillas el 24 de junio de 1808, en la que perdieron la vida 600 españoles y 1000 franceses. También los líderes carlistas Cabrera y Forcadell cometieron atrocidades en este municipio, eminentemente liberal. En 1836, tras un litigio de décadas, Siete Aguas y los otros pueblos de la comarca dejaron de pertenecer a los descendientes de los Mercader, confiscándolos el estado. Los años 1834, 1855, 1865 y 1885 padeció el azote del Cólera, falleciendo muchos de sus vecinos. En 1887 se terminó definitivamente el enlace ferroviario entre Valencia y Utiel por el difícil e intrincado tramo de Las Cabrillas. De esta época data también el inicio del turismo en Siete Aguas, con la edificación del Balneario sobre las cuadras del antiguo mesón.