Tras la caída de los visigodos, fueron los musulmanes los que se aposentaron en Siete Aguas. Doña Jimena y su escolta pasaron aquí una noche del año 1102, mientras se retiraban hacia Castilla con los restos mortales del Cid. El año 1260 el rey Jaime I expulsó a los moros y concedió Carta Puebla a 30 repobladores cristianos y sus respectivas familias. Por su situación estratégica (frontera del Reino de Valencia) otorgó a sus habitantes cuantiosos privilegios para que le fuesen fieles, máxime cuando hacia poniente estaba Requena (Castilla) y por levante la Hoya, con Buñol, Yátova, Macastre y Alborache, lugares casi exclusivamente poblados por sarracenos hasta el año 1609. Asimismo, situó aquí la aduana.

Padeció las consecuencias de las guerras medievales entre la Corona de Aragón y Castilla, siendo asediada y saqueada en varias ocasiones (como en 1356). También durante el s.XIII y XIV se fundó un hospital de peregrinos (clausurado el 1830). Perteneció también a la Casa de los Condes de Urgell hasta el año 1413. En 1425 Alfonso V el magnánimo la vendió a Berenguer Mercader, primer barón de Buñol y su comarca. De esta época data la inscripción gótica que se conserva en la iglesia y la cruz de la glorieta.